Der 1944 in Danbury, Essex, geborene Neil Innes verbrachte einen Großteil seiner Kindheit in Nachkriegsdeutschland, da sein Vater dort als Offizier stationiert war. Im Alter von 7 bis 14 Jahren nahm der spätere Komponist Klavierstunden und brachte sich selbst bei, Gitarre zu spielen. Nachdem er die "Thorpe Grammar School" und die "Norwich School of Art" besucht hatte, studierte er Schauspiel am "Goldsmiths College" bis 1966. Gleichzeitig gründete er mit einigen weiteren Studenten die Gruppe "Bonzo Dog Doo-Dah Band" - später umbenannt in "The Bonzo Dog Dada Band" -, die vom Dadaismus beeinflusst war.
Neil Innes schrieb die meisten Songs für die Band, darunter auch den Hit "I'm the Urban Spaceman", für den er einen "Ivor Novello Award" erhielt. Nachdem die Band Ende der 1960er Jahre zusammenbrach, gründeten er und fünf weitere Musiker 1973 die neue Comedy-Band "GRIMMS", deren Name sich aus den Anfangsbuchstaben der Nachnamen bildete. Zur gleichen Zeit war der Komponist in diversen "Monty Python"-Filmen wie "Der Ritter der Kokosnuss" und "Das Leben des Brian" als Statist zu sehen. Auch arbeitete er als Komparse und gelegentlicher Songschreiber in der Comedy-Show "Monty Python's Flying Circus" sowie in Liveauftritten mit. Zusammen mit Eric Idle hatte der Komponist Mitte der Siebziger eine eigene Comedy-Show - Teil dieser Show war die fiktive Band "The Rutles", aus der 1978 ein kompletter Fernsehfilm wurde.
2008 veröffentlichten die ehemaligen "Python"-Mitglieder einen Dokumentarfilm über Neil Innes - "den siebten Python". Seit seiner Studienzeit ist der Musiker mit seiner damaligen Kommilitonin Yvonne Catherine Hilton zusammen, mit der er drei Söhne hat. Das Paar hat bereits zwei Enkelkinder.