Nachdem sein Bekanntheitsgrad in Japan stetig gestiegen war, wurde bei Ken Watanabe 1989 Leukämie diagnostiziert. Doch der Schauspieler schaffte es, diese Krankheit zu besiegen und stellte 2003 ein beeindruckendes Comeback auf die Beine. Nach seinem Erfolg in "Last Samurai" spielte Ken Watanabe in "Batman Begins" den fiesen Schurken Ra's Al Ghul. Es folgte ein gänzlich anderer, viel edlerer Charakter in "Die Geisha". Schließlich verkörperte er für Clint Eastwood in "Letters from Iwo Jima" einen heroisch scheiternden japanischen General.
Auch in seinem Heimatland verbuchte Ken Watanabe weitere Erfolge auf seinem Steckbrief. In "Ashita no Kioku" mimte er einen Geschäftsmann, der von der Alzheimer-Krankheit vollkommen verändert wird. Für diese Rolle räumte der Schauspieler alle erdenklichen japanischen Filmpreise ab. 2010 setzte der Schauspieler bei seinen internationalen Erfolgen noch einen drauf. In dem Blockbuster "Inception" spielte er den japanischen Geschäftsmann Saito, der Dom Cobb (gespielt von Leonardo DiCaprio) engagiert, um seinem Konkurrenten gefälschte Ideen einzupflanzen.
Ken Watanabe heiratete 2005 seine Schauspielkollegin Kaho Minami. Er adoptierte offiziell ihren Sohn, den sie aus erster Ehe mitbrachte. Anschließend bekam das Paar noch zwei eigene Kinder. Sein ältester Sohn Dai wurde ebenfalls Schauspieler. Auch seine Tochter Anne arbeitet als Schauspielerin und Model. Außerdem schenkte sie ihrem Vater Ken Watanabe bereits einen Enkel.