Jonathan Banks wird 1947 in der US-Hauptstadt Washington, D.C. geboren. Bereits während seiner Studienzeit an der "Indiana University Bloomington" betätigt er sich erstmals als Schauspieler bei Theaterstücken. Vom Studium hat Jonathan Banks jedoch bald genug – er bricht die Uni ab und arbeitet anschließend als Stage-Manager für eine wandernde Theatergruppe. 1974 zieht der Schauspieler nach Los Angeles und übernimmt nur wenig später erste kleinere Rollen in TV-Produktionen.
Der Durchbruch im Steckbrief von Jonathan Banks findet sich allerdings erst 1987 mit der TV-Serie "Kampf gegen die Mafia", die bis 1990 läuft. Für seine Rolle als FBI-Agent "Frank McPike" ist der Schauspieler 1989 für einen "Emmy" nominiert. Nach dem Ende der Krimi-Serie spielt Jonathan Banks in einer Vielzahl von TV-Serien und Kinofilmen vor allem in Nebenrollen mit.
2009 ist der Schauspieler erstmals als "Mike Ehrmantraut" in der zweiten Staffel der preisgekrönten Serie "Breaking Bad" zu sehen. Für den Part als glatzköpfiger Killer, den er bis 2012 übernimmt, wird Jonathan Banks 2013 erneut für einen "Emmy" nominiert.
Jonathan Banks heiratet insgesamt drei Mal und hat drei Kinder. Seine dritte Ehefrau Gennera heiratet er 1990.