Henry Czerny wächst als Sohn einer Bäckereifachverkäuferin und eines Schweißers polnischer Herkunft in einfachen Verhältnissen auf. Sein Nachname kommt vom polnischen Wort "czarny" und bedeutet übersetzt "schwarz". Nach dem Schulabschluss beschließt der Kanadier, seine Leidenschaft zum Beruf zu machen und lässt sich an der "National Theatre School" in Montreal zum Schauspieler ausbilden.
Nach dem Ende seiner Ausbildung 1982 tingelt Henry Czerny als Theaterschauspieler über die Bühnen Kanadas. Schnell macht er sich einen Namen in der Szene und wird Ende der Achtziger auch als Musicaldarsteller engagiert. Es dauert nicht lange, da wird Henry Czerny auch fürs Fernsehen entdeckt. Für eine seiner ersten TV-Rollen im Film "Die Opfer von St. Vincent – Schrei nach Hilfe" wird der Schauspieler 1994 prompt mit einem "Gemini Award" ausgezeichnet.
Seit der Mitte der neunziger Jahre steht Henry Czerny auch in zahlreichen Kinofilmen vor der Kamera. Zwar schafft es der Schauspieler nur selten, eine Hauptrolle zu ergattern, trotzdem stehen Blockbuster wie "Mission: Impossible", "Der Exorzismus der Emily Rose" oder "Der rosarote Panther" im Steckbrief des Kanadiers.
Nebenbei ist Henry Czerny immer noch als Schauspieler in zahlreichen Fernsehproduktionen aktiv. 2007 spielt er den Duke von Norfolk in der TV-Serie "Die Tudors" und 2011 ist er als strenger Patriarch Conrad Grayson in der US-amerikanischen Serie "Revenge" zu sehen.